Un poco sobre Phylopic

Estudiante PhD Inecol Juliana Herrera Perez

Phylopic

Es una base de datos que almacena imágenes de siluetas de diferentes organismos. Cada imagen está asociada a uno o más nombres taxonómicos e indica aproximadamente el linaje al que pertenece dicho organismo.

Phylopic

Si quieres saber mas

rPhylopic

rphylopic, un paquete de R para obtener, transformar y visualizar siluetas de organismos de la base de datos PhyloPic.

rphylopic permite a los usuarios modificar la apariencia de estas siluetas para una personalización máxima al programar visualizaciones de alta calidad en flujos de trabajo de R (base) o (ggplot2)

¿Por qué ?

  • Nuestro compañero Jose Luis ha contribuido a esta gran base de datos con Siluetas de peces colombianos

  • Y todos nosotros podemos contribuir libremente a la construcción de esta base de datos

  • Este encuentro tiene como objetivo que conozcamos la herramienta y algunas de sus aplicaciones.

Para comenzar

Necesitamos las librerias:

library(rphylopic) 
library(dplyr) 
library(viridis) 
library(ggridges) 
library(ggtree) 
library(ggplot2)
library(rotl) 
library(rphylopic)
library(ape)
library(sf) 
library(rnaturalearth) 
library(rnaturalearthdata) 
library(phytools) 
library(deeptime) 
library(leaflet)

Descarga los datos .csv

Recursos

Aqui vamos a revisar las funciones basicas: rphylopic

Todo lo que vamos a ver esta disponible y resumido en la viñeta de los creadores del paquete: rphylopic viñeta

Seleccionar siluetas

# Funcion para seleccionar de todas las imagenes la que mas nos guste
pickp<-pick_phylopic(name = "characidae",n=1)
[1] "199829d3-183a-4eb3-a35a-a8705d28cb56"

Guardar siluetas

uuid <- get_uuid(name = "Erythromma najas")# obtener el identificador unico de la imagen
img <- get_phylopic(uuid = uuid,format ="vector" ) #obtener imagen
img<-recolor_phylopic(img,0.7, "blue",fill="black")
plot(img)
save_phylopic(img = img, path = "Cetops.png",
              width = 500, height = 500)

Guardar siluetas

ps <- ggplot() +
  coord_cartesian(xlim = c(0, 7), ylim = c(0, 7)) +theme_void()+
  add_phylopic(
    img = img,
    x = 3,
    y = 3,
    color = "#8000FF",
    fill = "black",
    alpha = 0.6,
    horizontal = FALSE,
    vertical = FALSE,
    angle = 0,
     ysize = 5
  )
ps
ggsave(ps, file="ps.png")

Plots XY

fish <- read.csv("fishdata.csv") #leer datos:
uuid <- get_uuid(name = "Sturisomatichthys aureum")#obtener sid
img <- get_phylopic(uuid = uuid, format = "vector")#obtener silueta


plot1 <- fish %>% filter(Specie == "Sturisomatichthys aureum") %>%
  ggplot(aes(x = talla, y = Peso)) +
  geom_point(size = 3, alpha = 0.6, color = "#8000FF") +
  theme_minimal(base_size = 14) +
  labs( title = "Relación entre Talla y Peso",subtitle = "Sturisomatichthys aureum",x = "Talla (cm)", y = "Peso (g)") +
  theme(plot.title = element_text(face = "bold", size = 16, hjust = 0.5), plot.subtitle = element_text(size = 12, hjust = 0.5),
   axis.title = element_text(face = "bold"),panel.grid.minor = element_blank(), axis.line =  element_line(size = 0.5,colour = "black",linetype = 1 )
  )
plot1

Con la silueta

plot2 <- plot1 + add_phylopic( img = img,x = 12,y = 5, ysize = 7,color = "#8000FF",fill = "black",
  alpha = 0.6,horizontal = FALSE,vertical = FALSE,angle = 0)
plot2

Plots XY con siluetas

fish %>%
  filter(Specie == "Sturisomatichthys aureum") %>%
  ggplot() + geom_phylopic(
    img = img,
    aes(x = talla, y = Peso, fill = Sexo,size=Peso),
    alpha = 0.8,        # También el alpha directo
    show.legend = TRUE,
    color="black",
    key_glyph = phylopic_key_glyph(img = img)
  ) +
  theme_minimal(base_size = 16) +
  scale_fill_manual(values = c("#8000FF", "black"),label=c("Hembra","Macho")) +
  xlim(NA, 18) +
  labs(
    title = "Relación entre Talla y Peso",
    subtitle = "Sturisomatichthys aureum",
    x = "Talla (cm)",
    y = "Peso (g)"
  ) +
  theme(
    plot.title = element_text(face = "bold", size = 16, hjust = 0.5),
    plot.subtitle = element_text(size = 12, hjust = 0.5),
    axis.title = element_text(face = "bold"),
    panel.grid.minor = element_blank(),
    axis.line = element_line(size = 0.5, colour = "black", linetype = 1)
  )

Varias imagenes

Si queremos usar mas de una imagen

#Obtenemos cada una

uuidstu <- get_uuid(name = "Sturisomatichthys aureum")
imgstu <- get_phylopic(uuid = uuidstu,format ="vector" )

uuidpim <- get_uuid(name = "Pimelodella macrocephala")
imgpim <- get_phylopic(uuid = uuidpim,format ="vector" )

uuidchat <- get_uuid(name = "Chaetostoma")
imgchat<- get_phylopic(uuid = uuidchat,format ="vector" )

uuidas <- get_uuid(name = "Astroblepus trifasciatus")
imgas<- get_phylopic(uuid = uuidas,format ="vector" )

Graficos de distribuciones

plot3 <- fish %>% ggplot(aes(x=Peso, y=Specie,fill = Specie,color=Specie)) +
  geom_density_ridges(alpha=0.6)+ labs(
        title = "Pesos",
    subtitle = "Siluriformes",
    x = "Peso (g)",
    y = "Especies"
  ) +  scale_fill_manual(values = c("#440154FF","#31688EFF","#35B779FF","#FDE725FF"))+ theme_minimal(base_size = 14) +
  theme(
    plot.title = element_text(face = "bold", size = 16, hjust = 0.5),
    plot.subtitle = element_text(size = 12, hjust = 0.5),
    axis.title = element_text(face = "bold"),
    panel.grid.minor = element_blank(),
    legend.position = "none",
    axis.line = element_line(size = 0.5, colour = "black", linetype = 1)
  )+ add_phylopic(img=imgstu, x=28, y = 4.2,ysize = 0.5,color = "black",fill = "black" ,alpha=1,
               horizontal = FALSE, vertical = FALSE, angle = 0)+
  add_phylopic(img=imgpim, x=28, y = 3.2,ysize = 0.5,color = "black",fill = "black",alpha=1,
               horizontal = FALSE, vertical = FALSE, angle = 0)+
  add_phylopic(img=imgchat, x=28, y = 2.2,ysize = 0.3,color = "black",fill = "black",alpha=1,
               horizontal = FALSE, vertical = FALSE, angle = 0)+
add_phylopic(img=imgas, x=28, y = 1.2,ysize = 0.3,color = "black",fill = "black",alpha=1,
             horizontal = FALSE, vertical = FALSE, angle = 0)
  
plot3

Relaciones entre grupos o especies

Cuando no tenemos la filogenia de los grupos podemos recuperar relaciones simples

nametre <- c("Pimelodella macrocephala","Chaetostoma leucomelas","Sturisomatichthys aureum","Astroblepus trifasciatus")

otl_tree<-rotl::tnrs_match_names(nametre) %>% 
  pull(ott_id) %>%  tol_induced_subtree(label_format="name")

Progress [----------------------------------] 0/29 (  0%) ?s
Progress [================================] 29/29 (100%)  0s
                                                            
otl_tree$tip.label <- nametre

plot(otl_tree)

Otra forma de recuperar multiples siluetas

picuid<-ggimage::phylopic_uid(c("Pimelodella macrocephala","Chaetostoma","Sturisomatichthys aureum","Astroblepus trifasciatus"))
pics<-data.frame(label=otl_tree$tip.label,uid=picuid$uid)

Árboles

tree0<- ggtree(otl_tree) %<+% pics + geom_tiplab(offset = 0.5,color="white")+geom_tiplab(aes(image=uid),geom="phylopic",size=0.3,offset=-0.1)
tree0

Árboles

tree1 <- ggtree(otl_tree, layout = "fan") %<+% pics +geom_tiplab(aes(image=uid),geom="phylopic",size=0.8,offset=-0.1)
tree1

Árboles

treep <- ggtree(otl_tree) +coord_flip()

tree2 <- treep%<+% pics +   geom_tiplab(offset = 0.5,color="white")+
  geom_tiplab(aes(image=uid,color=label),geom="phylopic",size=0.3,offset=-0.1)+labs(color = "Especie")+
scale_color_manual(values=c("#440154FF","#31688EFF","#35B779FF","#FDE725FF"))
tree2

Mapas

#Muuuy simple

uuid <- get_uuid(name = "Astroblepus trifasciatus")# obtener el identificador unico de la imagen
img <- get_phylopic(uuid = uuid,format ="vector" ) #obtener imagen
img<-recolor_phylopic(img,0.7, "black",fill="black")


save_phylopic(img = img, path = "Astro.png",
              width = 500, height = 500)



world <- ne_countries(scale = "medium", returnclass = "sf")


as <- fish %>% filter(Specie == "Astroblepus trifasciatus") %>% mutate(uid=uuidas)  %>% mutate(uu=uuid)

ggplot() + geom_sf(data = world) + # Paleta bonita y clara
  theme_minimal() +
  labs(title = "Mapa de América del Sur") +
  xlim(-80, -65) + ylim(-5, 15) +  ggimage::geom_image( data=as,image="D:/Curso_phylopic/Astro.png",aes(x = lon, y = lat), size = 0.05, alpha = 0.75)

Interactivos

uuid <- get_uuid(name = "Chaetostoma")# obtener el identificador unico de la imagen
img <- get_phylopic(uuid = uuid,format ="vector" ) #obtener imagen
img<-recolor_phylopic(img,0.7, "black",fill="black")

save_phylopic(img = img, path = "Chaeto.png", width = 500, height = 500)



Cet <- fish %>% filter(Specie == "Chaetostoma leucomelas") 

greenLeafIcon <- makeIcon(
  iconUrl = "D:/Curso_phylopic/Chaeto.png",
  iconWidth = 50, iconHeight = 50,
  iconAnchorX = 50, iconAnchorY = 50
)
leaflet(data = Cet) %>% addTiles() %>%
  addMarkers(~lon, ~lat, icon = greenLeafIcon)

Algunas imagenes que me gustan:

Burres et al. 2023

Troyer et al. 2024

Phylopic y gráficas en R